Les engrais et les bois sont les trafics prépondérants du Port de Saint-Malo, mais de nombreux autres produits y transitent. Des minéraux débarquent sur les quais. Le Port de Saint-Malo est un des premiers ports français d'importation de granit. Les produits agro-alimentaires occupent également une place importante, à la mesure des spécificités de la Bretagne, grande productrice de produits agricoles et alimentaires et grande consommatrice de matières premières.

Le port de Saint-Malo a également la capacité à accueillir des vracs liquides avec actuellement des hydrocarbures et des produits chimiques.

Les liaisons transmanche avec la Grande-Bretagne et l'Irlande ainsi qu'avec les îles anglo-normandes représentent un trafic de plus en plus important. Elles concernent non seulement le fret roulant et le transport des conteneurs, mais aussi les passagers qui voient leur effectif croître chaque année. On peut y ajouter ceux des bateaux de croisières qui sont accueillis au pied des remparts de la cité corsaire.