Les engrais représentent une activité prépondérante au port de Saint-Malo avec un trafic de plus de 500 000 tonnes. Viennent ensuite les bois, denrées alimentaires et les produits agricoles. De nombreux autres produits y transitent comme les produits chimiques et minéraux.

Les liaisons transmanche avec les îles anglo-normandes représentent un tiers du trafic. Elles concernent non seulement le fret roulant et le transport des conteneurs, mais aussi les passagers.

Le port de Saint-Malo est également le premier port d'escale breton devant Brest et Lorient.